デモを交えて学ぶ!バイオインフォマティクス【提携セミナー】

バイオデータ

デモを交えて学ぶ!バイオインフォマティクス【提携セミナー】

開催日時 2021/6/4(金)13:00-17:00
担当講師

緒方 法親 氏

小西 省吾 氏

松田 朋子 氏

開催場所

Zoomによるオンラインセミナー

定員 -
受講費 【オンラインセミナー(見逃し視聴なし)】:41,800円
【オンラインセミナー(見逃し視聴あり)】:47,300円

★バイオインフォマティクスを使い倒すための、はじめの一歩をデモンストレーション交えて追体験!
★UNIX/Linuxの基礎から、NGSが出力するデータの取扱い・
配列類似性の検索・集計・統計処理や解析法、およびビジネス成功例までを詳解

 

デモを交えて学ぶ!バイオインフォマティクス

《不完全なデータに挑む》

 

 

【提携セミナー】

主催:株式会社情報機構

 


 

次世代シークエンサー(NGS)が登場して10年以上が経過し、バイオのデータにインフォマティクスを組み合わせてこれまで知ることのできなかった世界を分析する方法が一般化してきた。さらにデータ解析を中心に据えた研究開発プロジェクトが多く推進させるようになり、バイオインフォマティクスに大きな成果が期待されるようになってきている。

 

投資するべき分野が不明瞭な中で、バイオビジネスへの期待は高まっているが、ゴールドラッシュでスコップ(道具)を売るのと同様に、道具である計算機やデータストレージの販売をゴールに設定したビジネスが多い。演者らは次世代シークエンサーの登場以来、道具の提供ではなく、急拡大したバイオデータ解析需要そのものに応えてきた。

 

本セミナーでは、生物由来のノイズに撹乱されたデータ解析ビジネスの成功事例を紹介するとともに、コンピューターを使用した実施例について演習を行ってデータ加工プロセスを追体験する。

 

◆ 受講に当たって

当日使用するコードを.txt形式で共有させて頂く予定です。
・講師はMacでデモンストレーションを実施します。バイオインフォマティクス実施にはMac環境を推奨しております。
・お送りするコードもMacでの使用を前提としていますので、その点ご了承ください。
・恐縮ながらOSの違い等による動作不良はサポートしておりませんので、ご理解頂けましたら幸いです。

 

◆ 受講対象者

生物工学、生物学の開発・研究に取り組むチームの責任者、マネージャー バイオインフォマティクスの初学者、これから本領域への参入・着手を検討している方

 

◆ 受講して得られる情報・知見

バイオインフォマティクスを実施するためには、コンピューターに対して文字入力のみで命令を伝える技術が必要となる。このセミナーを通じてUNIX環境を中心とした計算機実験の実態の包括的な理解を目指す。これを理解することで、生物の特性を理解しなければ取り除けないノイズを見つけること、取り除くこと、法則を見出すことを可能にする。

 

 

担当講師

株式会社日本バイオデータ 代表取締役
次世代バイオ医薬品製造技術研究組合 事務局顧問(ゲノム技術) 博士(農学) 緒方 法親 先生

株式会社日本バイオデータ 博士(理学) 小西 省吾 先生

株式会社日本バイオデータ 博士(農学) 松田 朋子 先生

 

セミナープログラム(予定)

1.生物工学研究のためのバイオインフォマティクス
【狙い】研究を進めるためにユーザーとしてバイオインフォマティクスに取り組む立場から基礎的な項目を説明する。
1.1 NGS以前のバイオロジーとインフォマティクス
1.1.1 バイオロジー
1.1.2 インフォマティクス
1.1.3 塩基配列のバイオインフォマティクス
1.1.4 生態学におけるバイオインフォマティクス
1.2 NGS以降のバイオインフォマティクス
1.2.1 次世代シークエンサー(NGS)
1.2.2 公共データベース

 

2.UNIX/Linuxの取り扱い
【目的・ゴール】文字入力でコンピューターに命令を出す方法を習得する。
【使用データ】特になし

2.1 ターミナル
2.1.1 ターミナルとは
2.1.2 ターミナルを開く
2.2 ディレクトリの操作
2.2.1 現状の確認
2.2.2 内容物リスト
2.2.3 移動
2.2.4 ディレクトリをつくる
2.3 ファイルの操作
2.3.1 ファイルの除去
2.3.2 ファイルの作成
2.3.3 閲覧
2.3.4 ファイルの結合
2.3.5 文字列の編集

 

3.配列類似性の検索
【目的・ゴール】次世代シークエンサーの出力するfastqデータの取り扱いを練習する。
【使用データ】大腸菌ゲノムデータ

3.1 ショートリードのマッピング
3.1.1 デモデータの準備
3.1.2 高速配列類似性検索
3.1.3 検索結果の閲覧
3.2 ショートリードのアセンブル
3.2.1 アセンブル
3.3 ロングリードの解析
3.3.1 解析ディレクトリの準備
3.3.2 データベースの準備
3.3.3 クエリーの準備
3.3.4 配列類似性検索
3.3.5 検索結果を閲覧

 

4.集計
【目的・ゴール】文字列であるfastqデータを数値データに変換する方法を習得する。
【使用データ】大腸菌ゲノムデータ

4.1 1塩基毎の集計
4.1.1 pileup
4.1.2 変異・多型の集計
4.1.3 カバレッジの集計
4.2 特定領域の集計
4.2.1 マップされたリードの取り出し
4.2.2 マップされたリードの集計

 

5.統計処理
【目的・ゴール】遺伝子発現量などの数値データを扱う方法を習得する。
【使用データ】動物トランスクリプトームデータ

5.1 現象全体の把握
5.1.1 特徴量分析
5.1.2 主成分分析
5.1.3 ツリーネットワーク
5.2 正規化
5.2.1 正規化基準の選定
5.2.2 RPM/RPKM/FPKM
5.2.3 TMM正規化
5.2.4 標準物質の利用
5.3 検定
5.3.1 R
5.3.2 検定の前提
5.3.3 カウント数の検定

 

(質疑応答)

 

公開セミナーの次回開催予定

開催日

2021年6月4日(水) 13:00-17:00

 

開催場所

【Live受講】 Live配信セミナー(リアルタイム配信) ※会社・自宅にいながら学習可能です※

 

オンライン配信のご案内

★ Zoomによるオンライン配信

★ 見逃し視聴

 

については、こちらをご参照ください

 

受講料

【オンラインセミナー(見逃し視聴なし)】
41,800円(税込、資料付) *1社2名以上同時申込の場合、30,800円

【オンラインセミナー(見逃し視聴あり)】
47,300円(税込、資料付) *1社2名以上同時申込の場合、36,300円

 

学校法人割引;学生、教員のご参加は受講料50%割引

 

配布資料

  • 配布資料はPDF等のデータで送付予定です。受取方法はメールでご案内致します。
    (開催1週前~前日までには送付致します)。
    *準備の都合上、開催1営業日前の12:00までにお申し込みをお願い致します。
    (土、日、祝日は営業日としてカウント致しません。)

 

備考

  • 当日、可能な範囲で質疑応答も対応致します。
    (全ての質問にお答えできない可能性もございますので、予めご容赦ください。)
  • 本講座で使用する資料や配信動画は著作物であり、無断での録音・録画・複写・転載・配布・上映・販売等を禁止致します。
  • ご受講前に必ず本ページ内の「ライブ配信」の詳細を確認下さい。

 

お申し込み方法

★下のセミナー参加申込ボタンより、必要事項をご記入の上お申し込みください。

★【オンラインセミナー(見逃し視聴なし)】、【オンラインセミナー(見逃し視聴あり)】のいずれかから、ご希望される受講形態をメッセージ欄に明記してください。

 

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