各種記述子の具体的活用法や、解析のためのデータの可視化でのポイント！

ケモインフォマティクスにおける

化合物の表現手法とデータベース構築

【提携セミナー】

主催：株式会社技術情報協会

講座趣旨

近年、様々な分野でDX（デジタルトランスフォーメーション）が進んでおり、データ駆動型の研究開発手法に大きな期待が寄せられています。特に、有機化合物を扱う創薬研究や材料開発においては、ケモインフォマティクスの重要性が注目されています。ケモインフォマティクスとは、化合物情報の作成、管理、検索、分析、可視化など、コンピュータ・情報科学を用いて化学分野における様々な問題を取り扱う学問領域になります。

本講演では、ケモインフォマティクスの基礎である、化合物の表記方法、分子フィンガープリント、分子記述子、化合物検索、化合物データベース構築について、プログラミング言語Pythonと、Pythonのケモインフォマティクス用ライブラリーであるRDKitを用いて、実践的内容を解説致します。Pythonの基本文法について事前に学びたい方は、Udemyの無料コース「Pythonプログラミングで知っておくべき15のこと」(https://bit.ly/python-15-things-to-know)をご受講下さい。

担当講師

ケモインフォ(株)　　藤　秀義　氏　（元アステラス製薬(株)）

【講師略歴】

千葉大学薬学部で薬剤師免許を取得。博士号（薬学）を取得した大学院時代には、理化学研究所にてスーパーコンピュータを用いたIT創薬研究に従事。2006年度、薬学出身者初の未踏スーパークリエータに認定される。
2009年よりアステラス製薬に入社し、計算化学・ケモインフォマティクスの専門家として、創薬研究におけるITやAI技術の活用を推進し、臨床開発候補化合物の創出に貢献。2015年には産業技術総合研究所の高度なIT創薬技術を活用した共同研究を開始し、外部パートナーとの連携による創薬のオープンイノベーションを推進。さらに、欧州製薬企業を中心とするMELLODDYコンソーシアムの立ち上げに唯一の日本人として参画し、2019年よりMELLODDYプロジェクトを開始。そこで、創薬ビッグデータを用いた世界初の連合学習プラットフォームの構築に携わる。
2020年よりプログラミングやプレゼンテーションスキル、AI創薬などについてナレッジシェア出来る、オンラインサロン「インフォマジシャン研究所」（https://bit.ly/informagician）を運営。

セミナープログラム（予定）

１．化合物の表記方法
(1) MOL形式、SDF形式
(2) SMILES記法
(3) SMARTS記法
(4) InChI、InChIKey

２．分子フィンガープリント・分子記述子の生成
(1) RDKitでの分子フィンガープリントの生成
(2) RDKitでの分子記述子計算
(3) Mordredでの分子記述子計算

３．Pandasデータフレームを用いた化合物検索
(1) 完全一致構造検索
(2) 部分構造検索
(3) 類似構造検索

４．SQLite3を用いた化合物DB構築
(1) リレーショナルデータベースについて
(2) SQLの基本
(3) 化合物データベースの構築

５．データセットの可視化・クラスタリング
(1) 化合物データベースからのデータ取得
(2) 化合物空間の可視化・クラスタリング

【質疑応答】

公開セミナーの次回開催予定

開催日

2022年3月31日（木） 10:30～16:30

開催場所

Zoomを利用したLive配信　※会場での講義は行いません

受講料

1名につき 55,000円（消費税込、資料付）
〔１社２名以上同時申込の場合のみ１名につき49,500円〕

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