プロテオミクスの情報処理入門【提携セミナー】

プロテオミクスの情報処理入門【提携セミナー】

このセミナーは終了しました。次回の開催は未定です。

開催日時 2022/4/22(金)13:00-16:00
担当講師

川上 隆雄 氏

開催場所

Zoomによるオンラインセミナー

定員 -
受講費 【オンラインセミナー(見逃し視聴なし)】:36,300円
【オンラインセミナー(見逃し視聴あり)】:41,800円

☆用語の説明、分析の種類と手順、各種質量分析法の原理、データ解析、

診断マーカータンパク質の開発、今後の課題など、応用につなげるための基礎知識!


☆リアルタイムでのご参加が難しい方は、
お申込み方法により、後日視聴も可能となっております。

 

プロテオミクスの情報処理入門

【提携セミナー】

主催:株式会社情報機構

 


 

プロテオミクス Proteomicsは、タンパク質群の動態(プロテオームProteome)を包括的に分析することによって生命現象の全体像をつかむ学問です。分析技術の発展とともに、現在のプロテオミクスは基礎研究ばかりでなく医療の分野にもインパクトを与え続けています。研究開発の現場では質量測定を基盤としたプロテオーム分析実験が盛んに行われていますが、分析結果の解釈には他のオミクスとは異なる情報処理も必要とします。そこで本講座では、「プロテオームデータの見せ方(魅せ方)」を主題として、データ解析の実例を織り交ぜながら基礎事項や解析の勘所などを解説する構成にしました。お手持ちのプロテオームデータから有用な情報を抽出していただくための一助になれば幸いです。

 

◆受講後、習得できること

本講座を受講すると、次に挙げる事項の理解が容易になります。

  • 質量分析を用いたプロテオームの分析手順
  • プロテオーム同定計量情報の構造
  • プロテオームデータの視覚化の要領
  • 医学や生物学におけるプロテオミクスの活用
  • 公共リポジトリへのプロテオームデータの登録

 

◆講演中のキーワード

  • ボルケーノプロット
  • False discovery rate, FDR
  • Gene ontology, GO
  • jPOST
  • Peptide spectrum match, PSM

 

担当講師

株式会社メディカル・プロテオスコープ
取締役 生体分子解析部 部長(兼任)
博士(薬学)
川上 隆雄 先生

■経歴
東京理科大学大学院薬学研究科博士後期課程を修了(1997年)。その後、日本グラクソ株式会社(現グラクソ・スミスクライン株式会社)、東京医科大学臨床プロテオーム研究寄附講座などを経て現職。

■専門および得意な分野・研究
プロテオミクスにおける技術開発全般、およびタンパク質化学

■本テーマ関連学協会での活動
日本プロテオーム学会研究開発功績賞(共同受賞)(平成25年9月)
日本プロテオーム学会理事(平成27年1月~平成29年12月、令和3年1月~)

 

セミナープログラム(予定)

1. 質量分析を基盤としたプロテオミクス
1.1. 質量分析の威力
1.2. ペプチド断片を測る
1.3. 液体クロマトグラフィーとタンデム質量分析を連結した分析系 (LC-MS/MS)
1.4. 標識法と非標識法
1.5. よく使われる質量分析計: イオントラップ、三連四重極、QTOF
1.6. 測定データの取得方法: DDA、DIA、選択イオンモニタリング
1.7. 測定データ取得の高速化と高深度化: プロテオームの「ビッグデータ」
1.8. 翻訳後修飾の分析

 

2. 質量分析データの処理と解析
2.1. 一般的な処理手順: 同定情報と計量情報の統合
2.2. ペプチド/タンパク質の同定
2.2.1. アミノ酸配列データベース検索の原理
2.2.2. 検索ソフトウェアのいろいろ
2.2.3. ペプチドのアミノ酸配列と質量スペクトル情報の連結: Peptide spectrum match (PSM)
2.2.4. 偽陽性ヒットの検証: Target-Decoy検索とFalse discovery rate (FDR)
2.2.5. 複数のタンパク質におけるペプチド同定情報の共有
2.3. タンパク質組成の試料間計量比較
2.3.1. 計量値の正規化
2.3.2. 比較計量値の散布図: MAプロットとボルケーノプロット
2.3.3. ペプチド同定数の情報の利用

 

3. おもな情報解析の手法
3.1. 膜結合タンパク質の予測
3.2. Gene ontology (GO) の活用: 尤度解析
3.3. クラスター解析
3.4. 主成分分析
3.5. ネットワーク解析

 

4. プロテオームリポジトリ「jPOST」へのデータ登録

 

5. 質疑応答

 

※上記のプログラム項目と内容は一部変更する場合があります。あらかじめご了承いただけると幸いです。

 

公開セミナーの次回開催予定

開催日

2022年4月22日(金) 13:00-16:00

 

開催場所

Zoomによるオンラインセミナー

 

受講料

【オンラインセミナー(見逃し視聴なし)】:1名36,300円(税込、資料付)
*1社2名以上同時申込の場合、1名につき25,300円
【オンラインセミナー(見逃し視聴あり)】:1名41,800円(税込、資料付)
*1社2名以上同時申込の場合、1名につき30,800円

 

※学校法人割引;学生、教員のご参加は受講料50%割引

 

オンライン配信のご案内

★ Zoomによるオンライン配信

については、こちらをご参照ください

 

備考

配布資料・講師への質問等について
●配布資料はPDF等のデータで送付予定です。受取方法はメールでご案内致します。
(開催1週前~前日までには送付致します)。
*準備の都合上、開催1営業日前の12:00までにお申し込みをお願い致します。
(土、日、祝日は営業日としてカウント致しません。)

 

●当日、可能な範囲で質疑応答も対応致します。
(全ての質問にお答えできない可能性もございますので、予めご容赦ください。)
●本講座で使用する資料や配信動画は著作物であり
無断での録音・録画・複写・転載・配布・上映・販売等を禁止致します。

 

お申し込み方法

★下のセミナー参加申込ボタンより、必要事項をご記入の上お申し込みください。

★【オンラインセミナー(見逃し視聴なし)】、【オンラインセミナー(見逃し視聴あり)】のいずれかから、ご希望される受講形態をメッセージ欄に明記してください。

 

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