ハンズオンで学ぶバイオインフォマティクス(入門編)【提携セミナー】

先端計測と機械学習を融合する 計測インフォマティクスの最新動向・適用事例セミナー

ハンズオンで学ぶバイオインフォマティクス(入門編)【提携セミナー】

このセミナーは終了しました。次回の開催は未定です。

開催日時 2022/8/23(火)13:00-17:30 2022/8/24(水)13:00-17:30
担当講師

清水 厚志 氏
山﨑 弥生 氏
小巻 翔平 氏

開催場所

Zoomによるオンラインセミナー

定員 -
受講費 【2日間ご参加の場合】88,000円
【いずれか1日のみご参加の場合】55,000円

○丁寧な解説と充実のサポート体制で、対面にも劣らないと好評の

「バイオインフォマティクス」オンラインセミナーを再開講!

○Linuxの基本操作から、

DNAシークエンスデータやゲノムデータの基本的な取扱い・解析法まで詳解!

ゲノム・遺伝情報を活用するための、はじめの一歩に最適です。

 

ハンズオンで学ぶバイオインフォマティクス

(入門編)

 

≪基礎からデータ解析の実際まで≫

 

【提携セミナー】

主催:株式会社情報機構

 


 

遺伝情報を用いた個別化予防、細胞動態の観察、薬剤開発、iPS細胞などの品質管理、新規生物種の発見、または既知生物種の再分類など、ゲノムあるいは遺伝情報を用いた研究がNGSと呼ばれる高速かつ大出力DNAシークエンサーの発展により加速している。
一方で、これらのデータを取り扱うことに長けているバイオインフォマティシャンの絶対数が世界的に足りず、データの出力に解析が追いついていない現状があるが、文科省、厚労省、経産省の要請によりバイオインフォマティシャンの育成が推進されており、徐々にではあるが一定の成果を上げつつある。

 

本セミナーではこれらのゲノム情報を実際に取り扱うための基礎知識を座学・実習を通して学ぶことを目的とする。

 

◆受講後、習得できること

  • Linuxの基本的な使い方
  • Rの基本的な使い方
  • シークエンスデータやゲノムデータの基本的な取扱い
  • バイオインフォマティクスの基礎
    など

 

◆必要な予備知識など

  • Windows, Mac, AndroidなどOSは問わず、いずれかのデスクトップPC、タブレットPCを使用したことがある方
  • キーボードを用いた文字入力ができること
    ※バイオインフォマティクスに必要なコマンド入力や仕組み等は当日講義で説明致します。

 

担当講師

岩手医科大学 医歯薬総合研究所 生体情報解析部門 教授 清水 厚志 先生

 

岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門
特命助教 山﨑 弥生 先生

 

岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門
特命助教 小巻 翔平 先生

 

講師紹介
※本ページ下部に記載。

 

セミナープログラム(予定)

【1日目:2022年8月23日 13:00-17:30】

 

1.バイオインフォマティクスとは
1)バイオインフォマティクスの基礎
2)NGS(シークエンサー)を用いた生体情報の理解
3)データ処理の流れ

 

2.Linuxの使い方【PC演習】
1)OSの起動
2)基本的な取扱い
3)ターミナルの使い方
4)Linuxの基本コマンド

 

3.DNAシークエンサー
1)シークエンサーの種類と各機種の特徴
2)DNAシークエンサーのデータフォーマット
a)FASTA
b)fastq

 

4.ヒトゲノムについて
1)ヒトゲノム解読の歴史と戦略
2)ゲノムの再シーケンス

 

5.個人ゲノム解読
1)個人ゲノム解読の歴史
2)ゲノム配列の個人差・コスト
3)ゲノム解析による治療方針の決定例

 

6.疾患ゲノム解析
1)遺伝性疾患について
2)疾患ゲノム解析のながれ
3)仮想データを用いた疾患ゲノム解析【PC演習】
a)使用するfastqデータの確認
b)配列データ処理
c)変異候補の抽出
d)検出された多型をデータベースで確認

 

【2日目:2022年8月24日 13:00-17:30】

 

7.遺伝子発現解析【PC演習】
1)RNA-seqについて
2)遺伝子発現解析のながれ
3)公開データを用いた遺伝子発現解析【PC演習】
a)解析環境の準備
b)データの準備・確認
c)RNA-seqデータのマッピング(pseudoalignment)
d)遺伝子発現量の算出
e)発現変動遺伝子の検出
f)解析結果の描画
g)エンリッチメント解析
h)Protein-protein interaction解析

 

8.ゲノムワイド関連解析【PC演習】
1)GWASについて
2)解析の流れ
3)デモデータを用いたゲノムワイド関連解析【PC演習】
a)解析環境の準備
b)データの準備・確認
c)データの品質評価(QC)
d)調整因子の検討
e)連続値を用いたゲノムワイド関連解析
f)解析結果の要約と評価
g)公開データベースを用いた解析結果の解釈

 

<質疑応答>

 

公開セミナーの次回開催予定

開催日

2022年8月23日(火) 13:00-17:30
2022年8月24日(水) 13:00-17:30
*途中、小休憩を挟みます。
*1日のみの参加も可能ですが、2日間ご参加を推奨します。

 

開催場所

Zoomによるオンラインセミナー

 

受講料

【2日間ご参加の場合】1名88,000円(税込(消費税10%)、資料、見逃し配信付)
*1社2名以上同時申込の場合、1名につき77,000円

 

【いずれか1日のみご参加の場合】1名55,000円(税込(消費税10%)、資料、参加日のみ見逃し配信付)
*1社2名以上同時申込の場合、1名につき44,000円

 

*学校法人割引;学生、教員のご参加は受講料50%割引。

 

オンライン配信のご案内

★ Zoomによるオンライン配信

については、こちらをご参照ください

 

備考

本セミナーはPCを用いた操作や解析演習を多く交えて進行します。
ご参加にあたり以下のご準備をお願い致します。

 

■受講推奨環境・事前準備のお願い等:
1)以下を満たすPCをご準備ください。

  • CPU:仮想化支援技術「IntelVT」もしくは「AMD-V」をサポートしているCPU
  • メモリ:4GB以上
  • HDDやSSDの空き30GB以上
  • マイク、スピーカーが使用できるPC(外付け可)

 

※現時点では、M1チップが搭載されているMacはVirtual Boxがサポートされていませんのでご注意ください。
※古い機種でなければ、上記満たしている事が多いです。
※デバイス1台でご受講頂けますが、視聴用/演習用2台ご準備頂くとより快適に受講できます。

 

2)事前に「VirtualBox(フリーの仮想PCソフト)」および演習用データのダウンロード

  • 具体的なダウンロード方法などは、開催2週前を目途にご案内予定です。
  • データ容量が10GB程度ございますので、十分な空き容量の確保をお願い致します。
  • セキュリティ等の関係で、インストールや仮想環境立ち上げが上手くいかない場合がございます。
    特に会社のPCをご使用される際は、仮想環境が使用可能なPCをご準備頂くようお願い致します。

 

※配布資料および演習用データは、USBに入れて郵送で送付致します。
お申込の際は、お受け取り可能な住所をご記入ください。

 

■セミナーの進め方:
合計6名体制で講義+サポート致します。基本的な進め方は以下となります。

 

1)講師:座学による講義+講師PCでの演習
2)受講者:お手元のPCで実際に操作
3)受講者:不明点等あればチャット質問または、講師と1対1で口頭でのやり取り可能なブレイクアウトルームへご案内しサポート

 

※1)~3)を繰り返し2日間進行します。出来る限り対面セミナーに近い形でサポートします。

 

■終了後セミナーの見逃し配信、講師へのご質問について:

  • 本セミナーは原則終了から3日以内に当日のセミナー映像を受講者限定でご案内致します。
    (ブレイクアウトルームでのやり取りは公開しません。)
  • 視聴可能期間は配信開始から10日間を予定しています。期間内は動画を繰り返し視聴できます。
  • 見逃し配信期間中であれば講師への質問も可能です。

 

■過去、本オンラインセミナー受講者の声:

  • バイオインフォマティクスのセミナーは3度目の受講ですが、今回が一番良かったです。
  • バイオインフォマティクスを扱う際のLinux操作からdbSNP, OMIMといったDBの活用、解析途中のファイル構造まで幅広くご講演頂き有益でいた。
  • 疾患ゲノム解析やGWAS解析、遺伝子発現解析、RNA-Seqなど興味深い内容満載でした。
  • 特にRNA-Seqは実践的かつ初心者にもわかりやすく良かったです。また似たような機会がありましたら参加させていただきたく思います。
  • オンラインでの演習実施という難しい環境だったが、チャットでの質問への素早い返答や 個人的にTAが付いたりと、手厚いサポートでとても安心できるセミナーだった。ありがとうございました。
  • 歴史的背景なども含めてお話しくださり,興味深くまた面白かった。
    など多くのご好評の声を頂戴いたしました!

 

お申し込み方法

★下のセミナー参加申込ボタンより、必要事項をご記入の上お申し込みください。

★【(オンライン/見逃視聴付き)2022年8月23日・8月24日:両日参加】、【(オンライン/見逃視聴付き)8月23日のみ参加】、【(オンライン/見逃視聴付き)8月24日のみ参加】のいずれかから、ご希望される受講形態をメッセージ欄に明記してください。

 

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