・ハンズオン形式で、実際に動かしながら学べる（macをご準備下さい）

・ツールの環境設定・構築方法も含め、初級者がつまずきがちな点に配慮しつつ解説をします。

Pythonのハンズオンで学ぶ

バイオインフォマティクス解析入門

≪ツールの環境設定、解析の手順、実務上の留意点≫

【提携セミナー】

主催：株式会社情報機構

※ハンズオン指導の関係で、申込者多数の場合には、受講受付を締め切る可能性もございます。ご了承下さいませ。
お申し込みはお早めにお願い致します。

講師より：本セミナーのポイント／主な解説内容
バイオインフォマティクスは生物学データ・医学データの解析に不可欠の技術となりつつあります。

本セミナーでは、実際のバイオインフォマティクス解析ツールとしてよく用いられている、Python（Biopython）について、ハンズオンで講義します。その導入・環境設定方法から、シークエンス解析やゲノム解析の実務・手順、そして起こりがちなミス・留意点に至るまでを解説します。

尚、少人数制としており、口頭・マイクでの質問を常に受け付けます。皆様の疑問点や実習上の不明点に即対応できるよう心掛けます。

▼実習・ハンズオンに際して／お願い事項
1.受講申込者には演習で用いるコードとデータを事前にお渡しします。
2.macOSで演習を行っていきます。macPCをご用意ください。
3.計算機は一般的なスペック（256GBストレージ、8GBメモリ）で十分動作します。
4.可能なら、「Miniconda」 https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
を事前にインストールしておいてください。

◆受講後、習得できること

• バイオインフォマティクスの概略
• バイオインフォマティクスの標準的ツールであるBiopythonの環境設定方法とゲノム配列解析の実践手法（ハンズオンにより）

◆受講対象者

• バイオインフォマティクスにこれから携わる方
• バイオインフォマティクスに着手しはじめたが、疑問や課題に直面している方
• 特に、そのツールやソフトのインストール・環境構築方法、操作方法に苦慮している方 等

担当講師

九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命化学情報工学研究系 教授 博士（情報学） 竹本 和広 先生

2008年 京都大学 大学院情報学研究科 知能情報学専攻 博士後期課程修了
2009年 科学技術振興機構 さきがけ研究者
2012年 九州工業大学 大学院情報工学研究院 助教
2015年 九州工業大学 大学院情報工学研究院 准教授
2022年 九州工業大学 大学院情報工学研究院 教授
・著作 『バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ』（阿久津達也・竹本和広［訳］）（朝倉書店）

セミナープログラム（予定）

1.バイオインフォマティクス解析のための環境構築
1.1 Minicondaのインストール
1.2 Minicondaを通した環境構築

2.次世代シーケンス・データ解析
2.1 GenBankへのアクセス法とNCBIデータベースの利用法
2.2 基本的な配列解析
2.3 FASTAQフォーマットの利用
2.4 アラインメントデータ
2.5 VCNファイル
2.6 ゲノムアクセシビリティとSNPデータのフィルタリング
2.7 HTSeqによるNGSデータ解析

3.ゲノム解析
3.1 高品質レファレンスゲノムを用いた解析
3.2 低品質レファレンスゲノムへの対応策
3.3 ゲノムアノテーション・ファイル解析
3.4 レファレンス配列からの遺伝子抽出
3.5 Ensembl REST APIを用いたオーソログ遺伝子の抽出
3.6 Ensemblを用いた遺伝子オントロジーの抽出

4.蛋白質構造データバンク（PDB）を使う
4.1 Bio.PDBの説明
4.2 PDBファイルから様々な情報を得る
4.3 PDBファイルを解析する
4.4 mmCIFファイルからの情報抽出

※質疑応答は原則、随時受け付けます。
・講義内容だけでなく、配布した書籍についての不明点・疑問点にも時間の許す限り応じます。
・セミナー後の講師へのメール質問も可能です。（量や内容次第では回答しかねることもございます。ご了承くださいませ。）

公開セミナーの次回開催予定

開催日

2023年3月9日（木）　12:30-16:30

開催場所

Zoomによるオンラインセミナー

受講料

【オンラインセミナー（見逃し視聴なし）】：1名41,800円(税込、資料付)
＊1社2名以上同時申込の場合、1名につき30,800円

【オンラインセミナー（見逃し視聴あり）】：1名47,300円(税込、資料付)
＊1社2名以上同時申込の場合、1名につき36,300円

＊学校法人割引；学生、教員のご参加は受講料50％割引。

●録音・録画行為は固くお断り致します。

オンライン配信のご案内

★　Zoomによるオンライン配信

については、こちらをご参照ください

備考

※配布資料・講師への質問等について

●配布資料はPDF等のデータで送付予定です。受取方法はメールでご案内致します。
（開催1週前～前日までには送付致します）。
＊準備の都合上、開催1営業日前の12:00までにお申し込みをお願い致します。
（土、日、祝日は営業日としてカウント致しません。）

●当日、可能な範囲で質疑応答も対応致します。
（全ての質問にお答えできない可能性もございますので、予めご容赦ください。）
●本講座で使用する資料や配信動画は著作物であり
無断での録音・録画・複写・転載・配布・上映・販売等を禁止致します。

受講特典
・講師の訳書『バイオインフォマティクス　Pythonによる実践レシピ』（朝倉書店）を進呈します。
・原則、セミナー開催日前日には郵送にてお手元に届くよう努めますが、お申し込みのタイミング等によりセミナー後日のお届けとなることもございます。
※尚、こちらとは別に、講師作成の講演資料も配布致します。（こちらはPDFでの電子配布となります）

お申し込み方法

★下のセミナー参加申込ボタンより、必要事項をご記入の上お申し込みください。

★【オンラインセミナー（見逃し視聴なし）】、【オンラインセミナー（見逃し視聴あり）】のいずれかから、ご希望される受講形態をメッセージ欄に明記してください。