☆初心者のための入門講座

ケモインフォマティクスにおける化合物表現と

プログラミング《演習講座》

【提携セミナー】

主催：株式会社技術情報協会

講座内容

近年、様々な分野でDX（デジタルトランスフォーメーション）が進んでおり、データ駆動型の研究開発手法に大きな期待が寄せられています。特に、有機化合物を扱う創薬研究や材料開発においては、ケモインフォマティクスの重要性が注目されています。ケモインフォマティクスとは、化合物情報の作成、管理、検索、分析、可視化など、コンピュータ・情報科学を用いて化学分野における様々な問題を取り扱う学問領域になります。

本講演では、ケモインフォマティクスの基礎である、化合物の表記方法、分子フィンガープリント、分子記述子、化合物検索、化合物データベース構築について、プログラミング言語Pythonと、Pythonのケモインフォマティクス用ライブラリーであるRDKitを用いて、実践的内容を解説致します。Pythonの基本文法について事前に学びたい方は、Udemyの無料コース「Pythonプログラミングで知っておくべき15のこと」(c)をご受講下さい。

習得できる知識

☆ Python、RDKitの演習で、プログラミングでの具体的留意点を学ぶ

担当講師

ケモインフォ(株)　藤　秀義　氏

セミナープログラム（予定）

【講座内容】
１．化合物の表記方法
(1) MOL形式、SDF形式
(2) SMILES記法
(3) SMARTS記法
(4) InChI、InChIKey

２．分子フィンガープリント・分子記述子の生成
(1) RDKitでの分子フィンガープリントの生成
(2) RDKitでの分子記述子計算
(3) Mordredでの分子記述子計算

３．Pandasデータフレームを用いた化合物検索
(1) 完全一致構造検索
(2) 部分構造検索
(3) 類似構造検索

４．SQLite3を用いた化合物DB構築
(1) リレーショナルデータベースについて
(2) SQLの基本
(3) 化合物データベースの構築

５．データセットの可視化・クラスタリング
(1) 化合物データベースからのデータ取得
(2) 化合物空間の可視化・クラスタリング
【質疑応答】

公開セミナーの次回開催予定

開催日

未定

開催場所

未定

受講料

未定

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